כיום, ישנן דרכים רבות ושונות לניקוי כלי זכוכית במעבדה, שטיפת ידיים, שטיפת אולטרסאונד, מכונת כביסה חצי אוטומטית ומכונת שטיפת כלי זכוכית אוטומטית. עם זאת, ניקיון הניקוי תמיד קובע את דיוק הניסוי הבא או אפילו את הצלחת הניסוי. העורך מסכם מספר גורמים עיקריים המשפיעים על הניקוי, ומחלק אותם לחמש נקודות CTWMT:

ג: כימיה
בהתאם למטרת חומר הניקוי, יש לבחור רכיבים שונים של חומר הניקוי.

טמפרטורה 
באופן כללי, טמפרטורת כביסה גבוהה יותר תשיג אפקט כביסה טוב יותר

W: איכות המים
מים הם המדיום העיקרי בתהליך הניקוי, אך איכות המים משתנה ממקום למקום, כך שלא ניתן להבטיח את אפקט הניקוי בצורה טובה.

M: כוח מכני
השאריות מוסרות מפני השטח של הכלי על ידי כוחות חיצוניים

זמן
בהינתן כל שאר התנאים, באופן כללי, ככל שזמן הניקוי ארוך יותר, יהיה יעיל יותר.

עקרון שטיפת כלי הזכוכית האוטומטית: חימום מים, הוספת חומר ניקוי מיוחד דרך משאבת הסירקולציה לתוך צינור הסלסילה המקצועי בלחץ נמוך ובמחזור גבוה לשטיפת פני השטח הפנימיים של כלי הזכוכית. זרועות הריסוס העליונות והתחתונות מנקות את המשטח החיצוני של כלי הזכוכית. ניקוי באמצעות זמן ושלבים מדעיים, על מנת להשיג את מטרת ניקוי כלי הזכוכית.