ניקוי צלחות פטריזהו תהליך מייגע, אך תהליך זה יכול להפוך את הניסויים ליעילים יותר. אם צלחת הפטרי לא מנוקה, הנסיין צריך לבזבז זמן רב יותר בעיבוד נתוני הניסוי. ואם צלחת הפטרי מנוקה ביסודיות, הנסיין יכול לבצע את הניסוי בצורה יעילה יותר.
ניקוי ידני של צלחות פטרי:
באופן כללי, זה עובר ארבעה שלבים של השרייה, קרצוף, כבישה וניקוי.
1. השרייה: יש להשרות תחילה כלי זכוכית חדשים או משומשים במים כדי לרכך ולהמיס את הדבקותיהם. יש פשוט לשפשף כלי זכוכית חדשים במי ברז לפני השימוש, ולאחר מכן להשרות אותם למשך הלילה בחומצה הידרוכלורית 5%; כלי זכוכית משומשים מכילים לעתים קרובות הרבה חלבון ושמן, שלא קל לשטוף אותם לאחר ייבוש, לכן יש לטבול אותם במים נקיים מיד לאחר השימוש לצורך שפשוף.
2. קרצוף: יש להניח את כלי הזכוכית הספוגים במים עם חומר ניקוי ולשפשף אותם שוב ושוב בעזרת מברשת רכה. אין להשאיר שטחים פנויים ולמנוע נזק למשטח הגימור של הכלים. יש לשטוף ולייבש את כלי הזכוכית הנקיים לקראת כבישה.
3. כבישה: כבישה היא השריית הכלים הנ"ל בתמיסת ניקוי, המכונה גם תמיסת חומצה, כדי להסיר שאריות אפשריות מפני השטח של הכלים באמצעות חמצון חזק של תמיסת החומצה. כבישה לא צריכה להימשך פחות משש שעות, בדרך כלל למשך הלילה או יותר. יש להיזהר עם הכלים.
4. שטיפה: יש לשטוף היטב את הכלים במים לאחר קרצוף וכבישה. ניקוי הכלים לאחר הכבישה משפיע ישירות על הצלחת או כישלון תרבית התאים. יש לשטוף את הכלים ביד לאחר הכבישה, וכל כלי צריך להיות "ממולא-ריק" שוב ושוב לפחות 15 פעמים, ולבסוף להשרות אותו במים מזוקקים פעמיים 2-3 פעמים, לייבש אותו או לארוז אותו לשימוש מאוחר יותר.

שיטת הניקוי של שימוש ב-XPZמכונת כביסה לכלי זכוכית מעבדהכדי לנקות את צלחת הפטרי:
כמות ניקוי: ניתן לנקות 168 צלחות פטרי במחזור אחד
זמן ניקוי: 40 דקות להשלמת הניקוי
תהליך ניקוי: 1. הכניסו את צלחת הפטרי לניקוי (ניתן להכניס את החדשה ישירות למכונת שטיפת הבקבוקים, וצלחת הפטרי עם מצע התרבית צריכה למלא כמות גדולה ככל האפשר של מצע תרבית) לסל התואם של מכונת שטיפת הבקבוקים. שכבה אחת יכולה לנקות 56 צלחות פטרי, ופעם אחת יכולה לנקות 168 צלחות פטרי בנות שלוש שכבות.
2. סגרו את דלת מכונת שטיפת הבקבוקים, בחרו את תוכנית הניקוי והמכונה תתחיל אוטומטית לנקות. תהליך הניקוי כולל ניקוי מקדים - שטיפה בסיסית - ניטרול חומצה - שטיפה במים טהורים.
3. לאחר הניקוי, דלת מכונת שטיפת הבקבוקים נפתחת אוטומטית, מוציאה את צלחת התרבית הנקייה ועוברת לציוד העיקור לצורך עיקור.
ניקוי צלחות פטרי במעבדות ביולוגיות הוא חלק חשוב מאוד בניהול המעבדה. שימוש במכונת שטיפת בקבוקים אוטומטית לחלוטין במקום ניקוי ידני יכול למנוע זיהום צולב המשפיע על נתוני הניסוי, להגן על בריאותם של אנשי הניסוי ולשפר את יעילות הניסוי.